Desain Primer dan Deteksi Gen CHS (Chalcone Synthase) pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.) Tipe Riau Mancik

Bastian Nova, Epi Supri Wardi, Miftahur Rahmi, Fadillatul Zikri

Abstract


Gambir merupakan salah satu tanaman yang menghasilkan katekin. Kandungan katekin merupakan parameter dalam menentukan mutu gambir. Salah satu gen yang terlibat dalam pembentukkan katekin adalah gen CHS (Chalcone synthase). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkanprimer yang dapat digunakan untuk mendeteksi gen CHS (Chalcone synthase) pada tanaman gambir tipe Riau Mancik serta untuk melihat binding site dengan hasil isolasi DNA tanaman gambir terhadap primer yang telah didesain. Pendesainan primer dilakukan dengan mengalignment 21 data tanaman yang mengandung sekuen gen CHS yang terdapat di NCBI. Hasil desain primer didapatkan 8 pasang primer degeneratif dengan 4 primer forward dan 2 primer reverse. Primer yang memiliki binding site dengan hasil isolasi DNA yaitu pasangan primer A1F dengan C1R menghasilkan produk dengan estimasi 724 bp.

Keywords


Chalcone synthase, DNA, Gambir, Katekin, PCR.

Full Text:

PDF

References


Balentine DA, Wiseman SA, B. L. 1997. The Chemistry of Tea Flavonoids. CRir Rev Food Sci Nutr, 37(8), 693–704.

BPOM RI. 2007. Acuan Sediaan Herbal Volume Ketiga Edisi Pertama. Jakarta: Direktorat Jenderal Penhawasan Obat dan Makanan.

Chuanhong Wang, Shuang Zhi, Changying Liu, Fengxiang Xu, Aichun Zhao, Xiling Wang, Xing Tang, Zhengang Li, P. H., & Maode, Y. 2017. Isolation and characterization of a novel chalcone synthase gene family from mulberry.

Dao, T.T.H.; Linthorst, H.J.M.; Verpoorte, R. 2011. Chalcone synthase and its functions in plant resistance. 10, 397.

Dare AP, Tomes S, Jones M, McGhie TK, Stevenson DE, Johnson RA, G., & DR, H. R. 2013. Phenotypic changes associated with RNA interference silencing of chalcone synthase in apple (Malus × domestica). Plant J, 74, 398–410.

Denian, Irfan, A.J.P. Tamsin, & B. 2000. Teknologi Budidaya dan Pengolahan Gambir. Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Sukarami.

Dharma AP. 1985. Tanaman Obat Tradisional Indonesia. Jakarta: PN Balai Pustaka.

Dolphin, W. D. 2008. Biological Investigations.

Doyle, J. J. and J. L. D. 1987. Isolation of Plant DNA from Fress Tissue. 13–15.

Fadli, M. 2016. Isolasi Gen Dfr (Dihydroflavonol 4-Reductase) Pada Tanaman Gambir (Uncaria Gambir (Hunter) Roxb.) Berbasis Pcr (Polymerase Chain Reaction). Universitas Andalas Padang.

Ferita, I. 2011. Studi Hubungan Karakter Morfologi, Anatomi, dan Molekuler Terkait Potensi Kadar Katekin Pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir(Hunter) Roxb). Padang: Disertasi Fakultas Pertanian Universitas Andalas.

Gaffar, S. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung: Universitas Padjajaran.

Gerhard L. 2004. Advances in Chemistry and Bioactivity of the Genus Uncaria Phytotherapy Research.

Gumbira et al. 2009. Agroindustri dan Bisnis Gambir Indonesia. IPB Press. Bogor, 118 hal.

Handoyo, D., & Rudiretna, A. 2000. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas.

Hapsari, A., & Misrianti, R. 2007. Gen Cytochrome b sebagai Penanda Molekuler untuk Mendeteksi Cemaran Daging Tikus pada Bakso (L. P. B. Molekuler, Ed.). Bogor: Lembaga Penelitian Institut Pertanian Bogor.

Haryanto, S. 2009. Ensiklopedia Tanaman Obat Indonesia. Yogyakarta: Palmall.

Jamsari. 2007. Bioteknologi Pemula Prinsip Dasar dan Amplifikasi Analisis Molekuler. Pekanbaru: Unri Press.

Jamsari. 2013. Rekayasa Genetika untuk Analisa Genom dan Produksi

Organisme Transgenik. Riau: UR Press.

Kamiishi Y, Otani M, Takagi H, Han DS, Mori S, Tatsuzawa F, O. H., & Kobayashi H, N. M. 2012. Flower color alteration in the liliaceous ornamental Tricyrtis sp. by RNA interference-mediated suppression of the chalcone synthase gene. Mol Breed, 30, 671–680.

Kwon, C., Daham, J., & Jung, S. 2011. Chiral Separation of Catechin by Capillary Electrophoresis with α-cyclosophorooctadecaose Isolated from Rhodobacter Sphaeroides as Chiral Selectors.Vol 32 No. (Korean Chem Soc).

Langga, I, F., M, Restu., T, K. 2012. Optimasi Suhu dan Lama Inkubasi Dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus Reinw.) Serta Analisa Keragaman Genetik dengan Teknik RAPD-PCR. 3, 265 – 276.

Luh Ketut Budi Maitriani, I Nengeh Wirajana, S. C. Y. 2015. DesainPrimer untuk amplifikasi Fragmen Gen inhA Isolat 134 Multidrug resistence Tubercolosis(MDR-TB) denfan Metode PCR. Cakra Kimia, 3.

Lumaret, R., H. Michaud, J.P. Ripoll, and L. T. 1998. Chloroplast DNA extraction procedure for species high in phenolics and polysaccharides. In A. Karp, P.G.

Mardisiswojo, S. dan H. R. 1968. Cabe Puyang Warisan Nenek Moyang Cetakan ke 2. Jakarta: Depkes RI.

Morita Y, Saito R, Ban Y, Tanikawa N, Kuchitsu K, Ando T, Yoshikawa M, N., & M. 2012. Tandemly arranged chalcone synthase A genes contribute to the spatially regulated expression of siRNA and the natural bicolor floral phenotype in Petunia hybrida. Plant J, 70, 739–749.

Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika Edisi kedua. Bogor: IPB press.

Nazir, N. 2000a. Budidaya, Pengolahan dan Prospek Diversifikasinya (Gambir). Penerbit Hutanku.

Nazir, N. 2000b) Gambir Budidaya Pengolahan dan Prospek Diversifikasinya. In Yayasan Hutanku. Padang: Yayasan Hutanku.

Nazir, N. 2000c. Gambir Budidaya Pengolahan dan Proyek Difraksi. Padang: Yayasan Hutanku.

Parkash A, Rigelholf F, M. E. 2007. Antioxidant Activity. Retrieved April 16, 2016, from Medallion Labs website: http://medallionlabs.com/

Pharmawati, M. 2009. Optimization of DNA Extraction adn PCR-RAPD Condition of Grevillea spp. (Proteaceae). ISSN, 1410 5292.

Sahilah, A.M., Mohd. Fadly, L., Norrakiah, A.S. Aminah, A., Wan Aida, W. M. Ma’ruf, A.G & Mohd. Khan, A. (2012). Halal Market Surveillence of Soft and Hard Gel Capsules in Pharmaceutical Products using PCR and Southern-Hybridization on The Biochip Analysis. International Food Research Journal, 19(1), 371–375.

Sambrook J, Fritsch EF, M. T. 1989. Moleculer Cloning: A Laboratory Manual. USA: CSH Laboratory Pr.

Singh, V. K. A. A. K. 2001. PCR Primer Design. Molecular Biology Today, 2, 27–32.

Stafford HA. 1990. Pathway to proanthocyanidins (condensed tannins), flavan-3-ols and unsubtitued flavans (Flavonoid). Boca raton, Florida: CRC Press.

Stanfield, DW., Jaimes SC., Raul, J. 2003. Biologi Molekuler dan Sel. Jakarta: Penerbit Erlangga.

Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius.

Suherdi, A., D. & H. S. 1991. budidaya dan pasca panen gambir serta permasalahannya. Biro Bina Pengembagan Sarana Perekonomian, Dati I Sumbar. Padang.

Viljoen GJ, Nel LH, C. J. 2005. Moleculer Diagnostic PCR Handbook (Dordrecht (NL), Ed.). Springer.

Wang Y, Gao L, Wang Z, Liu Y, Sun M, Yang D, Wei C, Shan Y, X. T. 2012. Lightinduced expression of genes involved in phenylpropanoid biosynthetic pathways in callus of tea (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze). Scientia Hort, 133, 72–83.

Windiastika, G. 2012. Metode Uji Kualitatif DNA dengan Elektroforesis Gel Agarosa. Surabaya: Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan.

Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta: Penerbit Andi. doi.org/10.3390/ijms17020261




DOI: https://doi.org/10.36355/bsl.v4i1.124

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2024 Baselang

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Baselang : Jurnal Ilmu Pertanian, Peternakan, Perikanan dan Lingkungan online ISSN 2798-2114 is published by Fakultas Pertanian Universitas Muara Bungo